アルティメットモードで発生するミッションは以下の中からランダムで発生する。
| 出現 | ミッション | 内容 |
|---|---|---|
| ロザミア |
ロザミアと合流せよ！ ロザミアと共に、味方部隊を捜索せよ！ |
ロザミアについて行き、指定のポイントへ到達する |
| バナージとオードリー |
ドズルを撃破し、バナージを救援せよ！ ドズルたちを撃破し、バナージを救援せよ！ |
|
| シャアとギュネイ |
シャアとギュネイ、Bフィールドに進軍開始！ Bフィールド到達前に、シャアたちを撃墜せよ！ |
特定のフィールド到達前に撃墜する |
| 赤の称号をもつ者 | ◯◯◯たちを撃墜し、◯◯◯を援護せよ！ | |
| プルツー | プルツーを撃墜し、ジュドーを援護せよ！ |
ジュドーと強力してプルツー(クィン・マンサ)を倒す 撃破に成功するとジュドー、プルツーが仲間として行動してくれる |