アルティメットアドベンチャーモード中に発生する、インタラクティブ・アクション(以下、I・A)で☆を一定以上獲得するとシークレットファクターが達成され、ストーリー内の映像が追加される。
シークレットファクターコマンド（PS3版）
| 章 | 条件 | コマンド |
|---|---|---|
| 序章 九尾襲来 | ☆10個 | スティック回転 ◯連 → →◯ ◯連 |
| 第二章 集結の第七班 | ☆35個 | ←◯◯ ← ↓ ↑ → →◯ ☓ ↓ ← ↑ R1 ← ←◯ ◯ ← ◯連 |
| 第四章 ナルト出生 | ☆32個 |
前半：☓ → △◯ スティック回転 □△△◯ 後半：L1 ◯ □◯ ◯連 ←←← ☓ スティック回転 ◯連 ◯連 |
| 第六章 開戦 | ☆19個 |
前半☓ ← → ←☓ 後半：☓☓◯ ◯ ◯連 |
| 第七章 死闘の海岸線 | ☆24個 | L1 R1 ◯ ◯◯ □△☓ □ ← △△◯ ◯ |
| 第七章 死闘の海岸線 | ☆19個 | L1 △△ → ☓☓ →← ↑↑☓ △△◯◯ |
| 第八章 二つの太陽 | ☆10個 | △ → △ ◯連 ☓ |
| 最終章 平和への道 | ☆35個 | ◯ → ↑ ← R1 △□ L1 ☓ △△△↑◯ △△◯ ◯連 ◯ ☓☓ ◯連 |
| 最終章 平和への道 | ☆40個 | L1 ↑ ↑ スティック回転×2 L1□ □連 ← ☓ ← ◯ ↑↑◯ ◯ → ↓ ◯連 → ◯連 |
シークレットファクターコマンド（Xbox360版）
| 章 | 条件 | コマンド |
|---|---|---|
| 序章 九尾襲来 | ☆10個 | スティック回転 B連 → →B B連 |
| 第二章 集結の第七班 | ☆35個 | ←BB ← ↓ ↑ → →B A ↓ ← ↑ RB ← ←B B ← B連 |
| 第四章 ナルト出生 | ☆32個 |
前半：A → YB → スティック回転 → XYYB 後半：LB B XB B連 ←←← A スティック回転 B連 B連 |
| 第六章 開戦 | ☆19個 |
前半：A ← → ←A 後半：AAB B B連 |
| 第七章 死闘の海岸線 | ☆24個 | LB RB B BB XYA X ← YYB B |
| 第七章 死闘の海岸線 | ☆19個 | LB YY → AA →← ↑↑A YYAA |
| 第八章 二つの太陽 | ☆10個 | Y → Y B連 A |
| 最終章 平和への道 | ☆35個 | A → ↑ ← RB YX LB A YYY↑B YYB B連 B AA B連 |
| 最終章 平和への道 | ☆40個 | LB ↑ ↑ スティック回転×2 LBX X連 ← A ← B ↑↑B B → ↓ B連 → B連 |