イベルタル / ゼルネアス
ストーリー進行中必ず出会うことになる。
7個目のバッチを手に入れた後、フレア団秘密基地で遭遇。
イベルタル
【タイプ】あく
【特性】ダークオーラ (全員のあくタイプの技が強くなる)
【ステータス】HP：201 攻撃：144 防御：115 特攻：162 特防：106 素早さ：119
【わざ】バークアウト、デスウイング、かなしばり、あくのはどう
※性格「うっかりや」「Lv.50」のステータスです。厳選等の参考用に掲載しています。
ゼルネアス
【タイプ】フェアリー
【特性】フェアリーオーラ(全員のフェアリー技が強くなる)
【ステータス】HP：201 攻撃：152 防御：115 特攻：143 特防：116 素早さ：115
【わざ】じゅうりょく、ジオコントロール、ムーンフォース、メガホーン
※性格「すなお」「Lv.50」のステータスです。厳選等の参考用に掲載しています。ジャッジに判定して貰ったところ、HP・攻撃・防御がVっぽいです。
ジガルデ
殿堂入り後の「終の洞窟」深部でシンボルエンカウント。
【タイプ】ドラゴン じめん
【特性】オーラブレイク (オーラの効果が逆になる)
【ステータス】HP：242 攻撃：156 防御：196 特攻：140 特防：159 素早さ：157
【わざ】かみくだく、じしん、ほごしょく、りゅうのはどう
※性格「すなお」「Lv.70」のステータスです。厳選等の参考用に掲載しています。ジャッジに判定して貰ったところ、防御・特攻・特防がVっぽいです。
ファイヤー、サンダー、フリーザー
殿堂入り後、各地を飛び回るようになる。
ハリマロンならフリーザー、フォッコならサンダー、ケロマツならファイヤーが出てくる。
草むらを歩いていると、特殊なエフェクト後戦闘に入るが、すぐ逃げられてしまう（かげふみも無効）
11回ほど出会うと、アズール湾にある海神の穴に逃げ、そこで捕獲できるようになります。
一度出会えば図鑑でどこにいるのかを確認出来ますが、そらをとぶを使うとまた違う場所へ行ってしまいます。
ミュウツー
殿堂入り後、ポケモン村の奥にあるななしの洞窟にいる。
ななしの洞窟へ行くには、なみのりが必要。
ポケモン村の西の方からなみのりで行けます。
ミュウツーに話しかけると、戦闘になります。
サイコキネシス、じこさいせい、はどうだん、バリアー を使ってくるので、あく/ゴーストのポケモンを出すと、こちらのポケモンのHPを気にすることなくバトル出来ます。
倒しても、殿堂入りをすればまた現れます。
捕獲すると、ミュウツーがいた場所にメガシンカの石があるので拾っておきましょう。